Soutenu par le ministère de la Transition écologique et de la Cohésion des territoires, le concours de la Capitale de Biodiversité est co-organisé par l’Agence régionale de la biodiversité en Île-de-France (ARB îdF), l’Office français de la biodiversité (OFB), le centre technique national sur les espaces verts et la nature en ville - Plante & Cité, et les Agences régionales et collectifs régionaux pour la Biodiversité, avec la participation du Centre d'études et d'expertise sur les risques, l'environnement, la mobilité et l'aménagement (Cerema).